Günümüze kadar mükemmel yapısıyla ayakta kalabilen medresenin yapımına Artuklu Dönemi’nde başlanmış ve Akkoyunlu Hükümdarı Cihangiroğlu Kasım Padişah döneminde 1457-1502 yıllarında tamamlanmıştır. İki katlı, kubbeli, tek ve açık avlulu medresenin inşasında düzgün kesme taş kullanılmıştır. Plan özellikleri, taş işçiliği ve süsleme motifleri bakımından ilgi çeken yapı, cami ve türbe ile birlikte külliye içerisinde yer almaktadır. Medresenin avlusunda bir çeşme ve büyükçe bir havuz bulunmaktadır. Güneyde ovaya açık bir cepheye sahip olan medrese, Mardin yapılarının en büyüklerindendir. Açık medrese tipinde, tek bir avlu etrafında düzenlenmiş, iki katlı ve tek eyvanlıdır. Kesme taş ve tuğlalardan yapılmıştır.

Güney cephesinden, bir taç kapının bağladığı beşik tonozlu bir koridordan geçilerek girilir. Batısında diğer kısımlarla girişi aynı olan, bağımsız bir mescit mekânı vardır. Doğuda iki kat boyunca yükselen camisi mevcuttur. Portalden girilen revaklı büyük avlunun etrafında, iki kat üzerine revaklar arasına dizilmiş hücrelerden oluşmaktadır. Avlunun kuzeyinde, ikinci katı da kesen büyük eyvan ve onun önünde bir havuz mevcuttur. Burası tek başına bir medrese olarak değil bir külliye gibi düşünülmüş olmalıdır. Yanında bulunan zaviye-türbe bunun kanıtıdır.