Kırmızı Medrese, şehrin batısındaki sur kalıntılarının üzerine inşa edilmiştir. Medresenin içerisinde Cizre emirlerine ait aile mezarlığı ile bilim adamı, şair ve edebiyatçı Şeyh Ahmet El-Cezeri’nin türbesi de bulunur. Yapının inşa kitabesi ve vakfiyesi bulunmaması sebebiyle kesin yapım tarihi belli değildir. Uzmanlar, yapıyı 14. yüzyılın ilk çeyreğine tarihlendirir.
Medresenin içi avluludur, doğusunda, batısında ve kuzeyinde dershaneler, yemekhane ve öğretmen lojmanları bulunur. Medresenin güneybatısında kare planlı, çok güzel motiflerle bezeli bir oda yer alır. Bu odayı şair ve yazar Şeyh Ahmet El-Cezeri kullandığı gibi, Mütfü Molla Zade’nin dedelerinden Şeyh İbrahim Sori de bu odada görev yapmıştır.
Medrese, Cizre’ye özgü kırmızı tuğlalardan örüldüğü için Kırmızı Medrese ismini almıştır.
